在中日物流运输中，常见的问题和挑战有以下这些：

通关方面：可能会遇到通关手续繁琐、文件要求复杂、通关时间不稳定等问题，这会影响货物的及时送达。

成本波动：运输成本可能会受到燃油价格、汇率波动等因素影响而出现较大变化，增加成本控制的难度。

运输时效：如海上运输可能会受到天气、航线等因素影响导致延误，影响客户体验。

货物安全：在运输过程中，货物面临着损坏、丢失等风险，对物流企业的管理水平提出较高要求。

信息沟通：由于涉及跨境运输，可能存在信息传递不及时、不准确等情况，导致协调困难。

法规差异：中日两国在物流相关法规、标准等方面存在一定差异，需要企业准确把握和适应。

市场变化：贸易形势、市场需求等的变化会给物流运输带来不确定性，需要灵活应对。

物流设施衔接：两国的物流基础设施可能存在衔接不顺畅的情况，影响货物的转运效率。